Das Programm wird aus Mitteln im Rahmen der projektgebundenen Beiträge (PgB) finanziert. Die Finanzierung der zweiten Phase (2021−24) erfolgt im Rahmen der ordentlichen BFI-Periode. Für diese zweite Phase sind CHF 20 Mio. vorgesehen.

Im Programmantrag 2021−24 wird der Fokus auf die Förderung von Kooperationen und die Erzeugung von Synergien gelegt. swissuniversities unterbreitet dem SBFI den definitiven Programmantrag Ende Februar. Die Vorinformationen zur Vorbereitung der zweiten Programmphase folgen Ende Februar / Anfang März 2020 an die Rektorate.